• 點(diǎn)突變：病毒基因組中單個(gè)堿基對(duì)的替換、插入或缺失，這是最常見的基因突變形式，流感病毒的血凝素（HA）基因經(jīng)常發(fā)生點(diǎn)突變，導(dǎo)致其抗原性發(fā)生變化,引發(fā)季節(jié)性流感的流行。
• 重組：病毒感染同一宿主細(xì)胞時(shí)，不同病毒株之間可能發(fā)生基因片段的交換和重新組合，當(dāng)兩種不同亞型的流感病毒同時(shí)感染一個(gè)細(xì)胞時(shí)，它們的基因片段可以進(jìn)行重組，產(chǎn)生具有新特性的子代病毒，這種重組后的病毒可能具有更強(qiáng)的致病性或傳染性,增加了流感大流行的風(fēng)險(xiǎn)。

是指由于病毒基因組中核苷酸序列的隨機(jī)變化導(dǎo)致的病毒抗原性的逐漸改變，以人類免疫缺陷病毒（HIV）為例，它的逆轉(zhuǎn)錄酶缺乏校對(duì)功能，在病毒復(fù)制過程中容易出現(xiàn)錯(cuò)誤，導(dǎo)致病毒基因不斷發(fā)生變異，這些變異使得病毒能夠逃避宿主免疫系統(tǒng)的識(shí)別和清除,使得疫苗研發(fā)變得極為困難。

一些病毒可以通過基因轉(zhuǎn)換的方式獲得新的基因片段，某些RNA病毒在感染宿主細(xì)胞時(shí)，可能會(huì)從宿主基因組中獲取一段DNA序列，并將其整合到自己的基因組中，這種基因轉(zhuǎn)換可以使病毒獲得新的功能，如增強(qiáng)對(duì)宿主細(xì)胞的適應(yīng)性、改變病毒的致病性等。

病毒在與宿主長期相互作用的過程中，會(huì)逐漸適應(yīng)宿主環(huán)境，發(fā)生適應(yīng)性進(jìn)化，乙肝病毒（HBV）在感染人體后，會(huì)不斷調(diào)整自身的基因表達(dá)和復(fù)制策略，以適應(yīng)肝臟細(xì)胞內(nèi)的環(huán)境，逃避免疫系統(tǒng)的攻擊,并建立持續(xù)感染。

病毒從一種宿主物種傳播到另一種宿主物種，這可能導(dǎo)致病毒面臨新的選擇壓力，從而引發(fā)進(jìn)化，禽流感病毒原本主要感染鳥類，但偶爾會(huì)跨越物種屏障感染人類，這種宿主轉(zhuǎn)移事件可能使得病毒在人類免疫系統(tǒng)的壓力下發(fā)生快速進(jìn)化，以適應(yīng)人體環(huán)境，如果禽流感病毒獲得了在人際間高效傳播的能力，就可能引發(fā)全球性的公共衛(wèi)生危機(jī)。